税额（税率）确定的困难。由于我国开征环境保护税比较晚，相关法律法规还不健全，对企业和个人征收环境保护税还存在一定的困难。一方面，如果环境保护税较高，将给企业造成很大经济负担，制约企业的发展。国家制定环境保护税主要目的是减少环境污染、有效利用资源，否则将造成治理环境成本较大，企业也将付出较大代价。另一方面，如果税额较低，其征收的环境保护税将不足以弥补征收成本，对污染制造者影响较小，对环境污染治理效果影响不明显。
在确定环境保护税税率时，外部成本需要有相应的文件做支撑，而环境污染企业需要在生产过程中不断总结其对人们的生命安全造成的危害，但通过用量化货币衡量需要一个长期的过程。在这个过程中，不但要确定社会和私人的边际成本，而且还应结合实际计算出税率，但计算税率比较困难。在征收环境保护税的过程中，需要牵涉很多相关方，相互之间需要加强沟通，确保环境保护税征收的科学合理，由于确定边际成本存在一定的难度，再加上技术条件有限，目前还不具备对环境污染企业进行实时监控的能力，最终导致环境污染企业未受到严重的经济损失，环境污染没有得到有效治理。在计算污染成本时，应结合具体的污染物种类、数量等采取切实有效的治理方案，在实际应用中，比较常用的方法有：机会成本法、价值工程法、调查评价法等，但计算难度都比较大，因此，解决好税额问题有利于开征环境保护税的顺利实施。
税基选择的困难。税基是缴纳环境保护税的一项重要指标，在实际应用中确定税基存在一定困难，这主要是因为对于同一污染物，由于制造污染的企业不同、生产要素和消费品种不同，确定税基的标准也不同。例如，采用以污染企业的产量为环境保护税的税基时，其主要是建立在污染物排放量与企业的产量比例的基础上进行选择。由于企业对环境的污染程度不同，产量大的企业对环境的污染不一定严重，相反，有些产量小的企业生产技术、施工工艺落后，反而对环境污染较严重，企业生产的目的就是实现利益的最大化。由于税基对治污成本影响较大，一般企业通常不采取治污措施而直接生产。
当采用生产要素或消费品所包含的污染物数量为税基时，由于生产要素及消费品中所包含的污染物成分与污染物排放量之间的关系不大，在治理环境污染时，这种税基对治理污染的成本没有加以考虑，因此，在确定税基上比较困难。如果以污染物排放量为税基，在维持企业增加产量的前提下，只有减少对污染物的排放量，缴纳的环境保护税才能减少，对企业经营产生利益刺激作用，企业可根据自身的生产情况采取合理的治理方式。但是，排污量不容易确定，因此，这种税基也存在缺陷。在实际中必须结合环境污染情况，选择合理的税基。
执行过程中的职权滥用问题。开征环境保护税是国家形势发展需要，有利于企业从思想上重视保护环境和资源，减少环境污染，其与政府财政目标的调整无关。征收环境保护税是国家保护环境的一项举措，实行专款专用，不得挪用。由于我国的税收法律制度还有待进一步完善，地区之间差异较大，有的经济欠发达的地区将一部分环境保护税用作增加财政收入或弥补赤字，对企业随意征收环境保护税，对开征环境保护税造成恶劣影响。虽然我国在环境保护税征收方面积累了一部分经验，但与西方发达国家相比，还存在较大差距，因此，我国还需要在实践中不断积累经验，增强竞争实力，严格按环境保护税的相关规定缴纳税费。
征收成本过高的问题。第一，污染源监测费用较高。目前，我国开征的环境污染税主要在于污染源的检测费用，由于污染物的种类、数量不同，开征的环境污染税存在一定的差异，当这些特性随着时间变化而变化时，传统的税收制度不能满足税收的要求，造成检测费用较高。第二，检测污染责任归属存在问题。在我国对环境污染问题存在交叉管理问题，职责不明确，容易产生互相推诿的现象。为了解决这个问题，主要采用两种方法：第一种方法是加强对污染源的控制，实行谁制造污染谁负责处理的原则；第二种方法是环境执法部门对污染物进行检测，费用由环境污染制造者承担。
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